처분청은 청구인이 2004. 1. 28부터 2. 26.까지 취득한 서울특별시 용산구 ○○동 ○-○번지 ○○○○오피스텔 ○동 ○호, ○호, ○호(토지 각각 22.76㎡ 건물 각각 60.04㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)에 대하여 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 과세면제 하였으나 2004.10.6. 서울특별시 지도점검 결과 청구인은 2001.5.12. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받은 후 이로부터 2년내인 2002.9.2 청구 외 ○○산업(주)과 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하였으나 그 잔금은 벤처기업 확인을 받은 날부터 2년이 경과한 2004.1.28(A동 ○호), 2004.2.10 (A동○호), 2004.2.26(A동○호)에 지급한 사실을 확인하고 2005.3.2. 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후, 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지하였다.

청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은 후 2002.9.2. 청구외 ○○산업(주)와 이 사건 부동산의 분양계약을 각각 체결하고 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급하였으므로 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하는 한편 이 사건 등록세 중 가산세는 청구인의 과실 없이 처분청의 행정착오에 의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세 등의 경정을 구하고 있다.

이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업 확인을 받은 후 2년 내에 계약금과 중도금을 납부하였으나, 잔금은 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 후 지급한 경우 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내에 지급한 계약금과 중도금에 대한 등록세 등이 과세 면제되는지 여부와 부족 납부한 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항제3호 내지 같은 법 제130조제3항에서 판결문법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상의 취득가액을 등록세의 과세표준으로 하고 같은법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으며 같은 법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은 후, 2002.9.2. 청구외 ○○산업(주)와 이 사건 부부동산의 분양계약을 각각 체결하고 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내인 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급한 사실과 이 사건 부동산 각각에 대한 잔금은 2004.1.28(A동 ○호), 2004.2.10 (A동 ○호), 2004.2.26(A동 ○호)에 지급한 사실과 처분청이 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반 세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후, 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조제 1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지한 사실은 제출된 관련 증빙 자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 첫째, 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으므로, 비록 청구인이 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 이내에 이 사건 부동산의 계약금과 중도금을 지급하였다고 하더라도 이는 이 사건 부동산을 장래에 취득하기 위하여 미리 취득가격의 일부를 지급한 것일 뿐 이 사건 부동산을 취득한 것이라는 볼 수 없으므로 이에 대한 등록세 등은 과세 면제 대상에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없으며

둘째, 청구인은 이 사건 가산세의 경우 청구인의 과실 없이 처분청의 행정 착오에 의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 등록세와 같은 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이고(같은 취지의 대법원 1999.7.27. 선고, 99다23284 판결 참조)

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다고 할 것이므로 처분청이 이 사건 부동산을 지방세법 제131조제1항제3호(2)에서 규정한 일반과세로 등록세를 부과 고지하였다가 지방세법 제138조제1항 규정에 따라 다시 중과세로 변경한 처분은 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에 해당된다 하겠는 바,

처분청이 2005.3.2 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 일반과세로 부과 고지하였다는 사실만으로 청구인이 이 사건 등록세를 중과세로 신고 납부 하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 할 것이므로 처분청이 부족 납부한 이 사건 등록세에 대하여 가산세를 포함하여 부과 징수한 것은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)〈☞ (주) 1, 2〉

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 (2000. 12. 29. 개정) 〈☞ (주) 3, 4, 6〉

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. (1981. 12. 31. 개정) 〈☞ (주) 5, 6〉

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기 (2006. 12. 30. 개정)

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다. (1976. 12. 31. 개정)

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. (2008. 2. 29. 직제개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호ㆍ제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 국유재산의 현물출자에 관한 법률에 의한 현물출자의 등기 (1998. 12. 28. 개정)

2. 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정)

3. 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기 (1998. 12. 28. 개정)

5. 특별법에 의하여 설립된 법인중 대통령령이 정하는 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경됨에 따른 법인설립의 등기와 동 조직변경으로 인하여 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 (2001. 12. 29. 개정)

6. 한국자산관리공사가 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (1999. 12. 31. 개정 ; 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률 부칙)

7. 「법인세법」 제47조의 2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정)

10. 법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정)

11. 법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정)

12. 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관, 한국자산관리공사, 예금보험공사 또는 정리금융기관이 적기시정조치(영업의 양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (1999. 12. 31. 개정 ; 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률 부칙)

13. 「자산유동화에 관한 법률」 제2조 제5호의 규정에 따른 유동화전문회사(자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함한다. 이하 “유동화전문회사”라 한다)가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 동법 제2조 제2호의 규정에 의한 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2009년 12월 31일까지 유동화자산을 양수하거나 양수한 유동화자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정)

다. 경매신청, 가압류, 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (1998. 12. 28. 개정)

15. 예금보험공사가 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제8조ㆍ제11조 및 제12조의 규정에 의하여 출자하는 경우 그 출자에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정)

16. 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사(이하 “한국주택금융공사”라 한다)가 동법 제23조의 규정에 따라 등록한 채권유동화계획에 따라 2009년 12월 31일까지 금융기관으로부터 주택저당채권을 양수하거나 양수한 주택저당채권을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정)

나. 경매신청ㆍ가압류 또는 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (2006. 12. 30. 개정)

다. 저당권의 실행에 따른 주택의 소유권 이전에 관한 등기 (2006. 12. 30. 개정)

17. 예금보험공사 또는 정리금융기관이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (1999. 12. 28. 신설)

19. 금융지주회사가 제38조에 따라 주식이전을 받거나 주식교환을 함으로써 등기하는 경우 그 출자에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정)

20. 기업구조조정투자회사가 「기업구조조정 투자회사법」 제2조 제8호의 규정에 따른 약정체결자산을 동법 동조 제1호의 규정에 의한 채권금융기관으로부터 2009년 12월 31일까지 양수하거나 그 양수한 자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정)

나. 경매신청, 가압류, 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (2000. 10. 21. 신설)

23. 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 농업협동조합자산관리회사가 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설)

24. 농업협동조합법에 의한 조합, 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금 및 농업협동조합자산관리회사가 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실농협조합으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설)

25. 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설)

26. 수산업협동조합법에 의한 조합 및 수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실수협조합으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설)

27. 수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설)

28. 한국자산관리공사가 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 제26조 제1항 제5호의 규정에 의하여 합병ㆍ전환ㆍ정리 등 구조조정 또는 재무구조개선을 도모하는 법인과 그 계열기업(이하 이 호에서 “구조개선기업”이라 한다)으로부터 취득하는 재산(구조개선기업이 구조조정 또는 재무구조개선 목적으로 매각하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설)

29. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조 제4항에 따른 구조조정대상기업으로부터 2009년 12월 31일까지 취득하는 재산(구조조정대상기업이 구조조정목적으로 매각하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2009. 4. 1. 개정 ; 산업발전법 부칙)

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 (2007. 12. 31. 개정)

2. 창업중소기업의 법인설립의 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다) (2008. 12. 26. 개정)

2의 2. 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소변경으로 인한 등기 (2008. 12. 26. 신설)

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 창업중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립의 등기 (2000. 12. 29. 개정)

④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑤ 전력산업 및 가스산업의 구조개편을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 법인을 설립하는 경우 설립등기에 대한 등록세를 과세함에 있어서는 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니하며, 동법 제137조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. (2001. 12. 29. 개정)

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제112조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 제외한다. 이하 이 항 및 제120조 제4항에서 같다)에 관한 등기에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사(이하 이 조 및 제120조에서 “부동산투자회사”라 한다)가 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2006. 12. 30. 개정)

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에서 정하는 부동산집합투자기구(이하 “부동산집합투자기구”라 한다)의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2008. 12. 26. 개정)

3. 법인세법 제51조의 2 제1항 제6호에 해당하는 회사(이하 이 조 및 제120조 제4항에서 “프로젝트금융투자회사”라 한다)가 취득하는 부동산 (2004. 7. 26. 신설)

4. 「임대주택법」 제17조 제1항 제2호의 규정에 따른 특수목적법인이 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2008. 3. 21. 개정 ; 임대주택법 부칙)

⑦ 투자회사ㆍ선박투자회사ㆍ기업구조조정투자회사ㆍ부동산투자회사ㆍ「임대주택법」 제17조 제1항 제2호에 따른 특수목적법인ㆍ프로젝트금융투자회사ㆍ「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모투자전문회사 및 투자목적회사 또는 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사가 2009년 12월 31일까지 설립등기(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대하여는 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2008. 12. 26. 개정)



벤쳐기업 대도시내 부동산 취득시 중과여부
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제목없음 【분류/일자】 지방세심사2007-468, 2007.8.27 【주문】 청구인의 심사청구를 기각한다. 【이유】 1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004. 1. 28부터 2. 26.까지 취득한 서울특별시 용산구 ○○동 ○-○번지 ○○○○오피스텔 ○동 ○호, ○호, ○호(토지 각각 22.76㎡ 건물 각각 60.04㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)에 대하여 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 과세면제 하였으나 2004.10.6. 서울특별시 지도점검 결과 청구인은 2001.5.12. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받은 후 이로부터 2년내인 2002.9.2 청구 외 ○○산업(주)과 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하였으나 그 잔금은 벤처기업 확인을 받은 날부터 2년이 경과한 2004.1.28(A동 ○호), 2004.2.10 (A동○호), 2004.2.26(A동○호)에 지급한 사실을 확인하고 2005.3.2. 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후, 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은 후 2002.9.2. 청구외 ○○산업(주)와 이 사건 부동산의 분양계약을 각각 체결하고 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급하였으므로 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하는 한편 이 사건 등록세 중 가산세는 청구인의 과실 없이 처분청의 행정착오에 의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세 등의 경정을 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업 확인을 받은 후 2년 내에 계약금과 중도금을 납부하였으나, 잔금은 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 후 지급한 경우 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내에 지급한 계약금과 중도금에 대한 등록세 등이 과세 면제되는지 여부와 부족 납부한 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항제3호 내지 같은 법 제130조제3항에서 판결문법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상의 취득가액을 등록세의 과세표준으로 하고 같은법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으며 같은 법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은 후, 2002.9.2. 청구외 ○○산업(주)와 이 사건 부부동산의 분양계약을 각각 체결하고 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내인 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급한 사실과 이 사건 부동산 각각에 대한 잔금은 2004.1.28(A동 ○호), 2004.2.10 (A동 ○호), 2004.2.26(A동 ○호)에 지급한 사실과 처분청이 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반 세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후, 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조제 1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지한 사실은 제출된 관련 증빙 자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으므로, 비록 청구인이 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 이내에 이 사건 부동산의 계약금과 중도금을 지급하였다고 하더라도 이는 이 사건 부동산을 장래에 취득하기 위하여 미리 취득가격의 일부를 지급한 것일 뿐 이 사건 부동산을 취득한 것이라는 볼 수 없으므로 이에 대한 등록세 등은 과세 면제 대상에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없으며 둘째, 청구인은 이 사건 가산세의 경우 청구인의 과실 없이 처분청의 행정 착오에 의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 등록세와 같은 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이고(같은 취지의 대법원 1999.7.27. 선고, 99다23284 판결 참조) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다고 할 것이므로 처분청이 이 사건 부동산을 지방세법 제131조제1항제3호(2)에서 규정한 일반과세로 등록세를 부과 고지하였다가 지방세법 제138조제1항 규정에 따라 다시 중과세로 변경한 처분은 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에 해당된다 하겠는 바, 처분청이 2005.3.2 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 일반과세로 부과 고지하였다는 사실만으로 청구인이 이 사건 등록세를 중과세로 신고 납부 하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 할 것이므로 처분청이 부족 납부한 이 사건 등록세에 대하여 가산세를 포함하여 부과 징수한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 제138조 【대도시지역내 법인등기 등의 중과】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)〈☞ (주) 1, 2〉 1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 (2000. 12. 29. 개정) 〈☞ (주) 3, 4, 6〉 2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. (1981. 12. 31. 개정) 〈☞ (주) 5, 6〉 3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기 4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기 (2006. 12. 30. 개정) ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다. (1976. 12. 31. 개정) ③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. (2008. 2. 29. 직제개정) 제119조 【등록세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호ㆍ제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 국유재산의 현물출자에 관한 법률에 의한 현물출자의 등기 (1998. 12. 28. 개정) 2. 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정) 3. 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기 (1998. 12. 28. 개정) 4. (삭제, 2006. 12. 30.) 5. 특별법에 의하여 설립된 법인중 대통령령이 정하는 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경됨에 따른 법인설립의 등기와 동 조직변경으로 인하여 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 (2001. 12. 29. 개정) 6. 한국자산관리공사가 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (1999. 12. 31. 개정 ; 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률 부칙) 7. 「법인세법」 제47조의 2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정) 8. (삭제, 2007. 12. 31.) 9. (삭제, 2008. 12. 26.) 10. 법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정) 11. 법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정) 12. 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관, 한국자산관리공사, 예금보험공사 또는 정리금융기관이 적기시정조치(영업의 양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (1999. 12. 31. 개정 ; 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률 부칙) 13. 「자산유동화에 관한 법률」 제2조 제5호의 규정에 따른 유동화전문회사(자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함한다. 이하 “유동화전문회사”라 한다)가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 동법 제2조 제2호의 규정에 의한 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2009년 12월 31일까지 유동화자산을 양수하거나 양수한 유동화자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정) 가. 부동산의 소유권이전에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정) 나. 저당권의 이전에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정) 다. 경매신청, 가압류, 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (1998. 12. 28. 개정) 14. (삭제, 2004. 12. 31.) 15. 예금보험공사가 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제8조ㆍ제11조 및 제12조의 규정에 의하여 출자하는 경우 그 출자에 관한 등기 (1998. 12. 28. 개정) 16. 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사(이하 “한국주택금융공사”라 한다)가 동법 제23조의 규정에 따라 등록한 채권유동화계획에 따라 2009년 12월 31일까지 금융기관으로부터 주택저당채권을 양수하거나 양수한 주택저당채권을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정) 가. 저당권의 이전에 관한 등기 (2006. 12. 30. 개정) 나. 경매신청ㆍ가압류 또는 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (2006. 12. 30. 개정) 다. 저당권의 실행에 따른 주택의 소유권 이전에 관한 등기 (2006. 12. 30. 개정) 16의 2. (삭제, 2006. 12. 30.) 17. 예금보험공사 또는 정리금융기관이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (1999. 12. 28. 신설) 18. (삭제, 2003. 12. 30.) 19. 금융지주회사가 제38조에 따라 주식이전을 받거나 주식교환을 함으로써 등기하는 경우 그 출자에 관한 등기 (2008. 12. 26. 개정) 20. 기업구조조정투자회사가 「기업구조조정 투자회사법」 제2조 제8호의 규정에 따른 약정체결자산을 동법 동조 제1호의 규정에 의한 채권금융기관으로부터 2009년 12월 31일까지 양수하거나 그 양수한 자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기 (2006. 12. 30. 개정) 가. 저당권의 이전에 관한 등기 (2000. 10. 21. 신설) 나. 경매신청, 가압류, 가처분에 관한 등기 또는 가등기 (2000. 10. 21. 신설) 21. (삭제, 2003. 12. 30.) 22. (삭제, 2003. 12. 30.) 23. 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 농업협동조합자산관리회사가 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설) 24. 농업협동조합법에 의한 조합, 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금 및 농업협동조합자산관리회사가 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실농협조합으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설) 25. 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2002. 12. 11. 신설) 26. 수산업협동조합법에 의한 조합 및 수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실수협조합으로부터 양수한 재산에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설) 27. 수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설) 28. 한국자산관리공사가 금융기관부실자산 등의 효율적처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 제26조 제1항 제5호의 규정에 의하여 합병ㆍ전환ㆍ정리 등 구조조정 또는 재무구조개선을 도모하는 법인과 그 계열기업(이하 이 호에서 “구조개선기업”이라 한다)으로부터 취득하는 재산(구조개선기업이 구조조정 또는 재무구조개선 목적으로 매각하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2003. 12. 30. 신설) 29. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조 제4항에 따른 구조조정대상기업으로부터 2009년 12월 31일까지 취득하는 재산(구조조정대상기업이 구조조정목적으로 매각하는 재산에 한한다)에 관한 등기 (2009. 4. 1. 개정 ; 산업발전법 부칙) 30. (삭제, 2006. 12. 30.) ② (삭제, 2008. 12. 26.) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 (2007. 12. 31. 개정) 2. 창업중소기업의 법인설립의 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다) (2008. 12. 26. 개정) 2의 2. 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소변경으로 인한 등기 (2008. 12. 26. 신설) 3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 창업중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립의 등기 (2000. 12. 29. 개정) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑤ 전력산업 및 가스산업의 구조개편을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 법인을 설립하는 경우 설립등기에 대한 등록세를 과세함에 있어서는 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니하며, 동법 제137조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. (2001. 12. 29. 개정) ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제112조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 제외한다. 이하 이 항 및 제120조 제4항에서 같다)에 관한 등기에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사(이하 이 조 및 제120조에서 “부동산투자회사”라 한다)가 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2006. 12. 30. 개정) 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에서 정하는 부동산집합투자기구(이하 “부동산집합투자기구”라 한다)의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2008. 12. 26. 개정) 3. 법인세법 제51조의 2 제1항 제6호에 해당하는 회사(이하 이 조 및 제120조 제4항에서 “프로젝트금융투자회사”라 한다)가 취득하는 부동산 (2004. 7. 26. 신설) 4. 「임대주택법」 제17조 제1항 제2호의 규정에 따른 특수목적법인이 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산 (2008. 3. 21. 개정 ; 임대주택법 부칙) ⑦ 투자회사ㆍ선박투자회사ㆍ기업구조조정투자회사ㆍ부동산투자회사ㆍ「임대주택법」 제17조 제1항 제2호에 따른 특수목적법인ㆍ프로젝트금융투자회사ㆍ「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모투자전문회사 및 투자목적회사 또는 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사가 2009년 12월 31일까지 설립등기(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대하여는 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. (2008. 12. 26. 개정)
작성 날짜 : 2009-07-30