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【분류/일자】 감심2008-225, 2008.7.17 【제목】 법인이 아닌 종교단체의 경우에는 주무관청에 등록된 단체에 한하여 고유목적사업준비금（이자소득금액）을 손금에 산입할 수 있음 【주문】
1. 이 사건 심사청구 중 2005년 사업연도분 법인세 환급거부처분에 대한 청구 부분은 이를 각하한다 2. 나머지 청구는 이를 기각한다. 【이유】
1. 원 처분의 요지 가. 청구인은 2006. 3. 17. 2005년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 청구인의 이자소득금액 4,330,988,188원에 대한 원천징수세액 607,169,090원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 수익사업 소득금액으로 하는 한편 위 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 과세표준을 “0”으로 하여 신고를 하였으나, 처분청은 2006. 7. 19. 청구인이 「법인세법 시행령」 제36조 제1항에서 규정하고 있는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 해당하지 않는다는 이유를 들어 법인세 환급거부처분(이하 “이 사건 법인세 환급거부처분”이라 한다)을 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2006. 7. 21. 이의신청을 거쳐 같은 해 9. 13. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2006. 12. 14. 국세심판원은 처분청과 같은 이유를 들어 심판청구를 기각하였다. 나. 청구인은 2007. 3. 23. 2006년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 청구인의 이자소득금액 9,489,652,074원에 대한 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급받기 위하여 2005년 사업연도분 신고 때와 같은 방법으로 위 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 신고를 한 데 대하여 처분청은 2007. 4. 25. 청구인의 위 2006년 사업연도분 법인세신고를 인정하여 환급결정을 하고 다음 날인 4. 26. 청구인이 납부한 위 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급해주었다가 2007. 9. 1. 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체가 아니라는 이유로 위 환급금액을 납부하라는 납세고지서를 발부(이하 “이 사건 법인세 부과처분”이라 한다)하였고 청구인은 2007. 9. 27. 이를 납부하였다. 2. 청구 취지 및 이유 가. 청구 취지 이 사건 법인세 환급거부처분 및 법인세 부과처분을 각 취소하게 하여 달라는 취지의 청구 나. 청구 이유 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 아닌 종교단체로서 고유목적사업준비금 설정에 필요한 실질적인 요건을 모두 갖추었으나 형식적인 요건인 주무관청(문화관광부)에 등록한 단체의 요건을 갖추지 못한 것은 정부가 종교단체의 등록에 관한 규정을 두지 않아 등록을 할 수 없는 현실에 기인한 것이므로 관할세무서장의 승인을 받아 세법상 법인으로 보는 단체로 사업자등록을 한 경우에는 등록요건을 갖춘 것으로 보아야 하는데도 처분청이 주무관청에 등록한 단체가 아니라는 이유만으로 이 사건 이자소득에 대한 원천징수세액을 환급해 주지 않는 것은 부당하다. 3. 우리 원의 판단 가. 다툼 청구인이 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체에 해당하는지 여부 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다. (1) 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체로서 1999. 8. 26. 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 따라 법인격이 없는 단체 중 법인으로 보는 단체로 사업자등록(등록번호 : 000-00-00000)을 하였다. (2) 청구인은 2006. 3. 17. 2005년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 청구인 명의의 00은행 예치 예금에 대한 이자소득금액 4,330,988,188원에 대한 원천징수세액 607,169,090원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액 4,330,988,188원을 수익사업 소득금액으로 하는 한편 위 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 과세표준을 “0”으로 하여 신고를 하였다. (3) 이에 대하여 처분청은 2006. 7. 19. 청구인이 「법인세법 시행령」 제36조 제1항에서 규정하고 있는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 해당하지 않는다는 이유를 들어 법인세 환급거부처분을 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2006. 7. 21. 처분청에 이의신청을 하였으나 같은 해 8. 24. 같은 사유로 기각하자 다시 같은 해 9. 13. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2006. 12. 14. 국세심판원도 처분청과 같은 이유를 들어 심판청구를 기각하였다. (4) 청구인은 2007. 3. 23. 2006년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 청구인 명의의 00은행 예치 예금에 대한 이자소득금액 9,489,652,074원에 대한 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급받기 위하여 2005년 사업연도분 신고 때와 같은 방법으로 위 이자소득금액 9,489,652,074원을 수익사업 소득금액으로 하는 한편 위 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 과세표준을 “0”으로 하여 신고를 하였다. (5) 처분청은 2007. 4. 25. 청구인의 위 2006년 사업연도분 법인세신고를 인정하여 환급결정을 하고 다음 날인 4. 26. 청구인이 납부한 위 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급해주었다가 2007. 9. 1. 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체가 아니라는 이유로 위 환급금액을 납부하라는 납세고지서를 발부(이에 관한 법인세 경정결정은 납부고지서 발부 이후인 2007. 10 26.에 하였음)하였고 청구인은 2007. 9. 27. 이를 납부하였다. 다. 관계법령의 규정 (1) 「법인세법」 제24조는 “내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 그 제1호에 “당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”라고 규정하고, 그 제2호에 “제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조의 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액”이라고 규정하고 있다. (2) 「법인세법」 제29조 제1항은 “비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정하고, 그 제1호에 “「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익”이라고 규정하고 있다. (3) 구 「법인세법 시행령」(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「법인세법 시행령」”이라 한다) 제36조 제1항은 “법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”라고 규정하고, 그 제1호에 “다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금(단서 생략)”이라고 규정하고 그 “마”목에 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”라고 규정하고 있다. (4) 구 「법인세법 시행령」 제56조 제1항은 “법 제29조 제1항 본문 중 ‘대통령령이 정하는 단체’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.”라고 규정하고, 그 제1호에 “제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체”라고 규정하고 있다. 라. 판단 먼저, 2006년 사업연도분 법인세 부과처분에 대하여 본다. 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체인데도 주무 관청인 문화관광부 등록요건을 갖추지 못한 것은 정부가 등록에 관한 규정을 두지 아니한 것에 기인하므로 관할세무서에 법인으로 보는 단체로 사업자등록을 한 경우에는 등록요건을 갖춘 것으로 보아야 한다고 주장한다. 살피건대, 위 「법인세법」 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하되 법인으로 보는 단체의 경우는 대통령령이 정하는 단체에 한하는 것으로 규정하고 있고, 구 「법인세법 시행령」 제56조 제1항은 “법 제29조 제1항 본문 중 ‘대통령령이 정하는 단체’라 함은 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 및 법령에 의하여 설치된 기금을 말한다.”라고 규정하고 있으며, 위 제36조 제1항 제1호 마목은 “종교의 보급 및 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”라고 규정함으로써 법인이 아닌 종교단체의 경우에는 주무관청에 등록된 단체에 한하여 고유목적사업준비금(이자소득금액)을 손금에 산입할 수 있음을 명확히 하고 있다. 이와 같이 법인이 아닌 종교단체의 경우 주무관청에 등록된 단체에 한하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있고, 위 인정사실(1)에서 본바와 같이 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무 관청에 등록된 단체에 해당하지 아니므로 조세법률 엄격해석의 원칙상 단지 법인으로 보는 단체로 세무관서에 사업자등록을 하였다는 사유로 주무관청에 등록한 단체로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 다음으로 2005년 사업연도분 법인세 환급거부처분이 심사청구대상인지에 대하여 본다. 위 인정사실 (2), (3)에서 본바와 같이 이 사건 법인세 환급거부처분에 대하여는 청구인이 국세심판원에 심판청구를 제기하여 기각되었으므로 「감사원법」 제46조 제1항 및 「감사원심사규칙」 제6조 제1항 제4호의 규정에 따라 심사청구의 요건을 흠결한 각하대상에 해당한다 할 것이다. 4. 결론 그렇다면 청구인의 심사청구 중 이 사건 법인세 환급거부처분은 부적법하므로 각하하고, 나머지 청구는 이유가 없다고 인정되므로 이를 기각하기로 하여 「감사원법」 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. ========【분류/일자】 서면2팀-1444, 2007.8.1 【제목】 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인이 법인세법시행령 제56조 제1항의 단체에 해당하는 경우 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용할 수 있음 【질의】
(사실관계) - 질의 법인은 종교 보급 및 교회를 목적으로 설립한 비영리 법인으로 보는 단체이며, - 서울시 재개발 지역 내 종교 부지를 분양 받아 대금을 완납하였는데, 규모가 작아 모든 교인을 수용할 수 없어 교회건물을 신축하지 못하고 부득이 처분하고자 함. - 처분하여 다른 장소에서 교회건물을 신축하는데 자금이 사용됨. (질의요지) - 법인으로 보는 단체(교회)가 종교 부지를 처분하여 교회건물을 신축하는데 자금이 사용된 경우, 처분이익에 대하여 법인세 과세여부 【회신】
1. 귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것이며, 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 규정에 따라 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 처분한 고정자산이 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실 판단할 사항임. 2. 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인이 「법인세법 시행령」 제56조 제1항에 규정하는 단체에 해당하는 경우에는 같은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용 받는 것이며, 종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 같은 법 시행령 제56조의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임. =========【【분류/일자】 서면2팀-110, 2006.1.12 【제목】 비영리내국법인으로서 법인으로 보는 단체의 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 것임 【질의】
본 교회는 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인은 얻은 개별교회임. 이러한 개별교회가 주무관청에 등록되지 아니한 경우에도 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는지 여부 【회신】
귀 질의의 경우 비영리내국법인으로서 법인으로 보는 단체의 경우에는 「법인세법 시행령」 제56조 제1항의 규정에서 정한 단체에 한하여 같은법 제29조의 규정을 적용할 수 있는 것임.
제36조 【지정기부금의 범위 등】 (2007. 2. 28. 제목개정) ① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다. (2007. 2. 28. 개정)
마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998. 12. 31. 개정)
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| 작성 날짜 : 2008-12-23 | ||
